第一艘无人飞船是“神舟一号”。“神舟一号”是我国载人航天计划中发射的第一艘无人实验飞船。发射于1999年11月20日的凌晨6点30分，在酒泉航天发射场发射升空。神舟一号飞行试验成功，验证了飞船关键技术和系统设计的正确性，考核了飞船系统的舱段分离技术、调姿制动技术、升力控制技术、防热技术和回收着陆技术等五大关键技术的可靠性，是中国航天史上又一次“零”的突破。
神舟一号的任务目标
神舟一号飞船的飞行任务主要是考核运载火箭性能和可靠性，并利用这一机会，验证飞船关键技术和系统设计的正确性，以及包括发射、测控通信、着陆回收等地面设施在内的整个工程大系统工作的协调性。
神舟一号的任务载荷
神舟一号飞船搭载的物品包括：旗类、各种邮票及纪念封、农作物种子和中药材。其中，农作物种子包括各10克左右的青椒、甜瓜、番茄、西瓜、豇豆、萝卜等品种；中药材包括甘草、板蓝等。此外，飞船还搭载了有利于心脑血管疾病药物开发的Monascus生物活性菌株。
神舟一号飞船座舱内放置有一个高1.70米左右、身着航天服的男性模拟人。这个模拟人是一个感应器，用于收集返回舱在太空中的温度、湿度、氧气等各种试验数据。
神舟一号飞船还搭载了五星红旗和中国香港特别行政区区旗。后者在当年12月31日夜的香港迎千禧盛典上交予中国香港特别行政区。搭载的五星红旗，则于2000年1月1日在天安门广场升起。
神舟一号的技术成就
神舟一号飞船试验过程中，运载火箭和试验飞船性能良好、飞行正常、动作准确，主要关键技术取得突破性进展；发射场设施设备和“三垂”测发模式经受住了实战考核；新建的载人航天测控通信网工作协调，数据处理正确，指挥、控制无误；着陆场系统迅捷高效；载人航天发射组织指挥关系初步确立、运转正常。试验结果表明，第一次飞行试验的各项目的已经达到，为载人航天工程后续任务的实施打下了良好的技术基础。