文昌鱼是比鱼类低等的海洋动物，本质上属于古老的脊索动物。文昌鱼有2属12种，又名“鳄鱼虫”、“蛞蝓鱼”。它们体型较小，只有3厘米~6厘米长，身体半透明，头尾两头尖，外形上具有玲珑通透的美感。文昌鱼外形酷似鱼类，但它的身体构造和各种生理机能与真正的鱼还有很大区别。
动物学家曾给鱼下过定义：鱼是一类终身生活在水中，用鳃呼吸，以鳍运动的变温脊椎动物。
文昌鱼是一类小型海洋动物，它生活在温、热带的海滨沙滩上。白天，它很少活动，喜欢将身体埋入沙中，只露出前端。夜晚，它离开沙滩，在浅水海域里飘游。它一遇惊吓，便迅速地将身体沉埋于沙中，以逃避敌害。我国青岛、厦门等地的沿海都有文昌鱼分布。
文昌鱼呈半透明乳白色，身体侧扁，纺锤形，体长一般在50毫米左右，看上去像一条漂亮的小鱼。但是它算不上真正的鱼，只是鱼类的一个远祖。
动物学家曾给鱼下过定义：鱼是一类终身生活在水中，用鳃呼吸，以鳍运动的变温脊椎动物。
文昌鱼的一生虽在水中度过，用鳃呼吸，体温也随水温的变化而变化，但支撑它全身的不是那一节一节的脊椎骨，而是一条原始的、还未分节的脊索。它也有背鳍、尾鳍和臀鳍，但没有胸鳍和腹鳍。背鳍和尾鳍主要起着平衡作用，而对自身的运动关系不大，所以它自由活动能力不强，只能在水中随波逐流。而鱼类，它除了背鳍等平衡器官以外，还有成对的胸鳍和腹鳍，这相当于高等动物的四肢，有了这些鳍，它们便可在水中遨游。
文昌鱼的口在身体前端的腹面，是个小圆洞，周围有触须保护，以防粗物落入口中。当水流进入它的小圆口时，它摄取水中浮游生物，以填饱肚子。和文昌鱼相比，鱼类的口要复杂得多，出现了可以上下咬合的颌，这样大大增强了鱼类的捕食能力。
文昌鱼没有头和心脏，仅有一条富有收缩能力的腹大动脉，驱使血液由后向前流动，而且血液是无色的。而鱼类拥有一个一心室一心房的心脏，全身都流着红色的血液，可携带丰富的氧和营养物质，从而加快了身体的血液循环，使新陈代谢更加旺盛。
这样看来，文昌鱼外形酷似鱼类，但它的身体构造和各种生理机能与真正的鱼还有很大区别。所以，它还算不上是真正的鱼类。
文昌鱼虽然不能列入鱼类的行列，但它却是鱼类的远祖，是无脊椎动物向脊椎动物进化的一个过渡类型，在动物的演化史上占据着极其重要的地位。在我国福建厦门，厦门大学和国家海洋局还共同建立了研究机构，对文昌鱼进行专门研究。