水准仪校正有三个部分：1、圆水准器：安置水准仪后，使圆水准器气泡严格居中，此时圆水准器轴处于铅垂位置。将望远镜旋转180°，如果气泡仍居中，则说明圆水准器轴平行于仪器竖轴。2、十字丝横丝：在离墙20米左右安置仪器，并在墙上做一明显的固定点，如果固定点始终在横丝上移动或读数不变，说明横丝垂直于仪器竖轴，若偏离横丝，应进行校正。
1、圆水准器的检验校正
检验方法：
安置水准仪后，使圆水准器气泡严格居中，此时圆水准器轴处于铅垂位置。将望远镜旋转180°，如果气泡仍居中，则说明圆水准器轴平行于仪器竖轴。
若圆水准器轴不平行于竖轴，水准仪粗平后，则圆水准器轴相对于铅垂线的夹角为角，将望远镜旋转180°，圆水准器轴由竖轴左侧转至右侧，圆水准气泡不再居中，此时圆水准器轴与铅垂线的夹角为角。
校正方法：
圆水准盒的底部有三个校正螺丝。首先转动脚螺旋，使气泡中心向圆圈中心移动偏离值的一半，此时竖轴处于铅直位置，剩余一半用校正针拨动圆水准器的校正螺丝，使气泡居中，此次项校正应反复几次，直到望远镜转动在任何位置，圆水准气泡均居中为止。
2、十字丝横丝的检验校正
检验方法：
在离墙20米左右安置仪器，并在墙上做一明显的固定点，最好是黑三角，先用十字丝横丝的一端对准黑三角上(或下)的一个顶点或读取尺读数。旋紧水平制动螺旋，转动水平微动螺旋，如果固定点始终在横丝上移动或读数不变，说明横丝垂直于仪器竖轴，若偏离横丝，应进行校正。
校正方法：
打开护罩，松开十字丝分划板固定螺丝，旋转十字丝分划板座，转至正确位置为止。此项校正也需反复进行。
3、水准管的检验校正
检验方法：
(1)在平坦地面上选取相距约100的固定点a、b，先在a、b的中点安置水准仪，测出a、b两点的高差。如果两轴之间有一固定夹角，由于前后视距离相等，角对前、后视读数产生的误差相同，则，所得高差仍是正确高差。所以，前后视距离相等，可以消除视准轴与水准管轴不平行产生的角误差的影响。
(2)仪器搬到距a点(或点)约2～3处。离仪器2、3米点的读数距离近，可以认为读数正确。精平后读取两点的尺读数。如果高差与仪器放在中间的高差一致，则说明仪器不需要校正，否则需要校正。
校正方法
由于仪器距点很近，产生误差较小，所以认为读数误差略去不计。仪器在a点上读取尺读数后，加上仪器放在中间读取的高差即为离仪器b点的读数。
水准管的校正，根据上式的计算结果，转动微倾螺旋使十字丝横丝对准b点尺上的读数处，此时视准轴已水平，但水准管气泡不居中，松开水准管左右两个校正螺丝，拨动水准管上下校正螺丝使气泡居中，即可达到两轴平行的条件。