棉纱口罩可用酒精消毒，一次性口罩不建议用酒精消毒。外科口罩不能用酒精来消毒，也不能用其它的消毒方式，比如蒸汽熏蒸、水煮以及紫外线照射，任何消毒方式都会破坏一次性口罩的静电吸附功能，而一次性口罩主要利用静电对于病原微生物的吸附来阻隔病毒，如果失去了这个功能，口罩就失去了保护作用。
医用外科口罩和医用N95口罩外表面都经过“拒水处理”，酒精、水、血液、唾液等都很难渗入，目的是加强对医生的保护，防止在与患者接触中出现液体喷射造成交叉感染。表面涂抹、喷上酒精很难起到对医用口罩内部的消毒作用。另一方面，酒精也会破坏口罩外层防水结构，原因是酒精的表面张力和水有很大不同，用酒精处理过的口罩材料对水(血液、唾液)的吸收会增强，这会加速口罩过滤层失效。
医用外科口罩中的无纺布中最重要的是中间层的熔喷无纺布。熔喷无纺布是通过纤维的阻隔作用和纤维的静电吸附作用来阻挡病毒和细菌。熔喷无纺布的纤维阻隔和静电吸附作用是有一定的饱和度的，达到一定程度，它就不再具备吸附病原体的作用，所以外科口罩一般来说持续使用四个小时，就必须要更换了。
如果我们用水煮、酒精喷洒或者是紫外灯消毒的方式来消毒使用过的口罩，从理论上说是可以消灭粘在口罩上的细菌和病毒的，但是高温的水煮、酒精的喷洒都会破坏熔喷无纺布的纤维，这样口罩的功能就下降了
医用口罩多采用一层或者多层非织造布复合制作而成，主要生产工艺包括熔喷、纺粘、热风或者刺针等，具有抵抗液体、过滤颗粒物和细菌等效用，是一种医疗防护用纺织品，由口罩面体和拉紧带组成，其中口罩面体分为内、中、外三层，内层为亲肤材质，中层为隔离过滤层，外层为特殊材料抑菌层。
患有呼吸道传染病的患者，如果一定要到医院就诊，而又没有新的一次性口罩的情况下，可以考虑重复使用一次性的医用口罩。重复利用口罩的目的是，减少这些病人因为咳嗽或者打喷嚏，把飞沫传播出去的可能性。