1、控制海域富营养化物质负荷。严格管控和消减陆源排放和海上排放，控制好污染物质排海总量是行之有效的措施。2、加强赤潮监测、预警、预报能力建设。充分应用高科技手段提高赤潮预警预报能力，加强水色遥感技术研究，提高水色遥感准确性和分辨率。3、加强富营养化海域水体和底质的改善。加强开发、引进和推广海域富营养化治理和生态修复技术，发挥贝藻类在减轻水体富营养化和改善生态环境方面的独特作用。
1、控制海域富营养化物质负荷。由于富营养化是赤潮发生的物质基础，专家认为加强海域富营养化物质负荷的控制，严格管控和消减陆源排放和海上排放，控制好污染物质排海总量是行之有效的措施。
2、加强赤潮监测、预警、预报能力建设。充分应用高科技手段提高赤潮预警预报能力，加强水色遥感技术研究，提高水色遥感准确性和分辨率;应针对福建省沿海赤潮特点，设立科研专项，开展赤潮爆发机理和赤潮预报模型研究，提升赤潮预警、预报能力。
3、加强富营养化海域水体和底质的改善。加强开发、引进和推广海域富营养化治理和生态修复技术，发挥贝藻类在减轻水体富营养化和改善生态环境方面的独特作用，通过增大藻类养殖和贝类养殖范围建立生态养殖系统，减轻海洋环境的富营养化程度，以降低赤潮的发生。
4、提升赤潮灾害应急处置能力。加强赤潮灾害的应急能力建设，除做好应急监测、应急物质准备外，可研发绿色、安全、高效的杀藻、除藻技术(如羟基自由基高级氧化技术)装备和材料(如更有效的改性黏土)，降低赤潮爆发后的致灾程度和损失。
5、在赤潮高发海域大规模养殖经济大型藻类、滤食性贝类是一条经济、高效的途径。大型藻类与赤潮藻竞争营养盐，并分泌化感物质可以抑制赤潮生物生长，滤食性贝类对绝大多数赤潮生物有摄食关系。福建的三都澳、东山湾等广泛养殖大型藻类和滤食性贝类的封闭型海湾内鲜有赤潮发生。