1、科目不同：鲨鱼属于脊索动物门，脊椎动物亚门，软骨鱼纲，板鳃亚纲；而鲸鱼属于脊索动物门，脊椎动物亚门，哺乳纲，真兽亚纲。
2、品种不同：鲸鱼和鲨鱼是不同的生物，鲸鱼是水生哺乳动物，鲨鱼则是软骨类的鱼。
3、呼吸方式不同：鲸鱼是用肺来呼吸的，鲨鱼则是用鱼鳃来呼吸的。
4、繁殖方式不同：大多数的鲨鱼都是卵胎生，而鲸鱼则是胎生。
5、前进方式不同：鲨鱼前进的时候会左右摆尾，鲸鱼前进的时候是上下摆尾的。
6、皮肤光滑度不同：鲨鱼的身上长着盾鳞；而鲸鱼的皮肤比较光滑，没有鳞片。
7、身体构造不同：鲨鱼没有硬骨头，它们的骨架是由一种叫做"软骨"的物质构成；而鲸鱼有相当硬的脊椎骨架。
鲸鱼和鲨鱼会互相攻击吗
鲨鱼一般情况下是不会攻击鲸鱼的，因为大部分的鲸鱼体型都是比较大的，像蓝鲸、抹香鲸等都是体型较大的鲸鱼，它们的体型有可能是鲨鱼的几倍,鲨鱼正常情况下是不会贸然攻击大型鲸鱼的。除了体型较大的鲸鱼，还有一种鲸鱼叫做虎鲸，它们已经算是海洋生物链中顶尖的存在，而且是大部分鲨鱼的天敌，所以鲨鱼也不会攻击它们。
鲨鱼介绍
鲨鱼属于脊椎动物门软骨纲板鳃亚纲，海生，少数种类进入淡水，为一群游速快的中大型海洋鱼类。鲨内骨骼完全由软骨组成，常钙化，但无任何真骨头组织，外骨骼不很发达或退化，身体常被皮齿，牙多样化，具有硬肌，但膜骨则永不存在，脑颅无缝。上额由腭方软骨组成，下额由梅氏软骨组成。
鲸鱼介绍
鲸虽然外表像鱼，但并不是鱼，而是一类哺乳动物，鲸和鱼不同，它是胎生的，一般都是每胎产一仔，两年一胎。幼仔靠母体的乳汁哺育长大;而鱼是卵生的，一次产卵可以成千上万，幼鱼一经孵化出来，就能独立生活，没有哺乳现象。
鲸的体温是恒定的，平均为35.5℃，无论在冷水域或热带海区都维持这一体温;而鱼是变温动物，体温随环境温度的变化而变化。鲸用肺呼吸，需经常浮出水面换气。鱼则是用鳃摄取溶解于水中的氧气，可一直呆在水下。鲸和鱼在外形上的相似，是由于它们长期共处于一个相同的生活环境中而形成的，是一种“趋同现象”。