1、贷款利率
二套房贷款的贷款利率是比首套房的贷款利率高不少的。就公积金贷款而言，二套房贷款的贷款利率，是要在首套房公积金贷款利率的基准上，上幅10%。其他商业贷款的二套房贷款利率，要以各商业银行规定为准，但总体来说，都是比较高的。
2、贷款额度
二套房贷款的贷款额度比首套房的贷款额度低很多。具体的贷款额度，以地区规定为准。
3、贷款难度
当然，而二套房贷款的贷款难度，会比首套房贷款难度大很多，尤其是在遇到资金比较紧张的时候，二套房贷款往往很难申请到。
4、税收优惠政策不同
一套和二套在交易上，一套有契税优惠(普通且90平米以下按1%征收，普通按1.5%征收，非普通还是3%)，二套无论什么情况契税都是3%。在房产税上，一套免征，二套按家庭人均60平米计算，超过部分征收房产税，每年年底缴清，税率为非普通住宅0.6%，普通住宅0.4%，标地按合同价的70%计征。
首套房的定义
首套房，是指购买仅拥有一套住房（以国家对首套房的的认定标准）。中国人民银行规定我国城市居民购买第一套住房享有按揭贷款利率优惠和最低首付比率等优惠政策。
2014年9月30日，中国人民银行发布最新房贷政策，决定放松首套房认定，对拥有1套房并还清贷款后再购房家庭，执行首套房政策，并且首套房贷款利率最低为7折。
首套房和二套房如何界定
1、全款买过一套房，贷款买房——算首套。
2、贷款买过二套以上房，后来全部卖掉，通过房屋登记系统查询不到房产，但在银行征信系统里能查到贷款记录，再贷款买房——算首套。
3、夫妻两人，一方婚前买房使用商业贷款，另一方婚前购房用的是公积金贷款，婚后两人想要以夫妻名义共同贷款。若贷款已还清，银行业金融机构可以根据借款人偿付能力、信用状况等具体因素灵活把握贷款利率和首付比例；若贷款未还清——算二套房以上。
4、贷款买过一套房，商业贷款已结清，再贷款买房——算首套。若贷款未结清——算二套。
5、全款买过一套房，后来卖掉了，房屋登记系统查不到房产，再贷款买房——算首套。
6、当地暂不具备房屋登记系统的查询条件的，银行尽职调查核实购房人已有一套住房的，再贷款买房——算首套。